在傳統的國際貨物運輸中，貨主利用鐵路、公路等運輸手段，把貨物集中到出口港，再以船公司簽訂運輸合同，由貨主承運。深圳海運貨至目的港口卸貨后，再由鐵路、公路等運輸方式將貨物運往目的地。在整個貨運過程中，每一段運輸的分批、運輸線路與實際承運人的選擇、各段間的銜接等運輸組織工作，都是由許多托運人獨立完成的。總的來說，交通運輸組織混亂。尤其是內陸運輸，由于每一個托運人托運的貨物量都很小，無法實現經濟規模。

伴隨著集裝箱運輸的發展，集裝箱運輸體系的不斷完善，與傳統的國際運輸相比，集裝箱運輸在全程流通過程和運輸組織方面都發生了革命性的變革。如果貨品在起運港內陸地區，如果是整箱貨物，托運人可以將其貨柜交給運輸經營者(門口交接)，然后由經營者負責將貨品運至內陸集散站堆場；也可以直接運到內陸堆場，內河貨站的堆場)移交給運輸經營者。

如果是拼箱深圳海運，托運人把深圳海運貨物送到各個集散站的集裝箱貨運站，交給運輸經營者或其代理人，再裝船。內陸場至裝運港碼頭堆場的運輸，通常由內陸集散點統一組織。如果深圳海運貨物在裝運港附近，托運人可以將整個貨柜交給運輸經營者，然后由運營者負責將貨品運到港口碼頭堆場，或由托運人直接運到碼頭堆場。若為拼箱貨物，由托運人將貨物運至碼頭交運輸經營人，由運輸經營者組織裝箱后轉至碼頭堆場。

通過對上述深圳海運貨物物流和運輸組織的分析，可以看出，集裝箱運輸與傳統貨運存在著本質的區別。在貨物集運輸過程中，應事先將小批貨物集中到內陸地區的集散地，在有一定數量的組織下經過內陸，利用集裝箱、船只等大型運輸工具，將內河運輸的大型運輸工具(或與此相反)，使集裝箱運輸以大規模生產為基礎。集裝箱貨物的流通過程，體現了集裝箱運輸體系的高度完整性和組織性。采用以上組織形式的運輸，將集裝箱系統的各個要素、運輸全過程中所涉及的不同運輸方式、不同服務環節緊密相連為一體。